Finales del siglo XV comienzos del XVI San Diego de Alcalá, fraile franciscano, inicia la reforma de la Orden Franciscana. Su labor seria continuada por San Pedro de Alcántara, reformador coetáneo de Santa Teresa de Jesús y San Juan de la Cruz que lo harían con la Orden Carmelita. En esta fecha se sitúa la fundación de un convento Franciscano en los terrenos que hoy ocupa el teatro Lope de Vega y el Casino de la Exposición. Este convento adaptaría la reforma de San Diego y tomaría su nombre.
En el siglo XVII el convento de San Diego, uno de los más importantes de España, fundaría en los terrenos de una casa nobiliaria entre las actuales calles Amor de Dios y Cervantes, un pequeño convento que servirá de hospital para los frailes enfermos y ancianos. Este pequeño convento, llevaría el nombre del reformador, San Pedro de Alcántara, el que fuera confesor de Santa Teresa. La iglesia y el convento perduraron más allá de las desamortizaciones y exclaustración del siglo XIX gracias sobre todo a la acción del padre Manuel José Faguntez que mantuvo la iglesia abierta al culto mientras que el edificio del convento era convertido en el primer instituto de enseñanza media de Sevilla con el nombre de San Isidoro.
Antes, en el siglo XVIII, los frailes dieguinos abandonaron su convento de San Diego por las repetidas inundaciones y lo vendieron (en la parte superior del ábside de la iglesia un fresco describe una de esas inundaciones mientras un fraile observa la destrucción de muros y torres), convirtiéndose en fábrica de curtido, luego convirtiéndose en parte del Palacio de los Duques de Montoensier, reuniéndose todos los frailes en el convento de San Pedro de Alcántara.
En el siglo XX, las Esclavas Confesionistas se hacen cargo de la iglesia del convento hasta hoy con autorización del Beato Marcelo Espínola, conservándose en su poder hasta hoy.
Mientras, el convento, en los años 60, es destruido por el Ministerio de Educación (patios, columnas...etc) para hacer un moderno Instituto, despreciando un patrimonio de más de tres siglos.
La iglesia conservada es de una sola nave con bóveda de cañón sobre lunetos, amplio crucero con cúpula semiesférica sobre pechina y corto presbiterio con bóveda de medio cañón con los mismos lunetos que la nave. Tiene coro alto con el triunfo de la Virgen y frase alusiva a su Inmaculada Concepción. La puerta lateral, de madera noble, da a un salón en el que se encuentra también la Capilla de la Orden Tercera de San Pedro de Alcántara, con fachada avitolada. Antes de entrar hay una pequeña hornacina en el dintel con la figura de San Francisco. Todo el interior presenta pinturas mural es de gran calidad con figuras de santos de la orden como San Luis Obispo de Tolosa, Santa Clara, San Francisco con la zona del crucero. En la nave se sitúan distintos milagros de San Antonio. Así como Papas miembros de la Orden Franciscana Sixto IV y Alejandro V. Las pinturas se discute la autoría defendiéndose la cercanía a Espinel, gran pintor que trabajará también en el Palacio Arzobispal. La cúpula utiliza la técnica de trampantojo y en la pechina se repiten los símbolos franciscanos de Las Cinco Llagas de San Francisco y El Milagro de Cristo, ofreciéndole un brazo de la Cruz al Santo. Otras pinturas son copias de mediana calidad de la orden Murillo, el Santo Ángel de la Guarda con el niño Jesús, la Adoración o La Sagrada Familia. La de mayor valor es El Brazo de la Epístola que puede ser atribuido a Castillo, cuando un ángel recibe a un moribundo San Francisco de Asís. En el coro bajo aparece un lienzo donde Jesucristo resucitado va a recibir a San Francisco en presencia de la Virgen y de los Ángeles.
Los retablos del templo son de distintas etapas. El del altar mayor es un baldaquino que no es el original del templo ya que puede situarte en el siglo XIX su realización. presidido por un pequeño Crucificado. En la parte superior aparecen los Cuatro Evangelistas rematando el retablo, Teniendo detrás la pintura de la destrucción del Convento de San Diego está la escultura de la Fe. En el lado de la epístola se sitúa un retablo de la segunda mitad del siglo XVIII con elementos clásicos, presidido por una magnífica escultura de una dolora que se puede situar en el siglo XVII. Remata el retablo un Sol con la Trinidad y uno de los arcángeles. En el lado de la epístola se sitúa un retrato similar al anterior, con una magnífica escultura barroca de San José con el niño Jesús, que aparece también en la puerta del sagrario como pastor de ovejas. En la parte superior uno de los arcángeles porta en sus manos un pez y la vasija de agua en los peregrinos. En la nave, en el lado del evangelio, encontramos un retablo del siglo XX donde está la imagen de la fundadora de las Esclavas Concepcionistas. Tras él ,otro con San Antonio bendito portando en sus brazos al Niño, magnífica escultura del XVII, y un tercer retablo con la figura de San Pedro de Alcántara, que probablemente antes presidió el retablo mayor y que está muy restaurada ya que sufrió el ataque de un lunático que la destrozó al tirarla al suelo. El retablo contuvo inicialmente alguna imagen de la Virgen del Carmen, ya que aparecen en el banco los signos de la Orden del Carmelo.
En la nave, en el lado de la epístola, el primer retablo del barroco dieciochesco con estípite, contiene unas esculturas de gran calidad de Santa Bárbara. El siguiente, antes de la puerta de entrada. contiene un lienzo en el ático representado al Santo en la misa, San Pedro Tolentino. Toda la iglesia contiene una magnífica cerámica de la Resurrección de las Bellas Artes a principios del siglo XX con el regionalismo.
